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प्रशासन प्रभाग के प्रमुख संयुक्त सचिव होते हैं और मंत्रालय के प्रशासनिक तथा वित्तीय कार्यों को देखने के लिए उन्हें निदेशकों/ उप सचिवों द्वारा सहयोग दिया जाता है और वे अपर सचिव को रिपोर्ट करते हैं। यह प्रभाग भारतीय सांख्यिकीय सेवा (आईएसएस) और अधीनस्थ सांख्यिकीय सेवा (एसएसएस) पर नियंत्रण रखता है जिसमें इस सेवा के अधिकारियों का स्थानांतरण, तैनाती और कॅरियर संबंधी योजना भी शामिल है।
- भारतीय सांख्यिकीय सेवा (आईएसएस) : संख्यिकी और कार्यक्रम कार्यान्वयन मंत्रालय वर्ष 1961 में गठित भारतीय सांख्यिकीय सेवा (आईएसएस) का संवर्ग नियंत्रण प्राधिकारी है। यह सेवा योग्यताप्राप्त सांख्यिकीविदों का संवर्ग है ताकि सरकार द्वारा योजना तैयार करने, नीति बनाने और निर्णय लेने की आवश्यकता को पूरा किया जा सके। वर्तमान में आईएसएस के अधिकारी भारत सरकार के 40 मंत्रालयों/ विभागों में तैनात हैं।
- अधीनस्थ सांख्यिकी सेवा (एसएसएस) : पांचवें केंद्रीय वेतन आयोग की सिफारिश पर वर्ष 2002 में भारतीय सांख्यिकी सेवा के पोषक (फीडर) सेवा के रूप में अधीनस्थ सांख्यिकी सेवा स्थापित की गई थी। वर्तमान में एसएसएस के अधिकारी भारत सरकार के 55 मंत्रालयों/ विभागों/ संगठनों में तैनात हैं। इस सेवा के अधिकारी मुख्यत: इस मंत्रालय द्वारा द्वारा किए जा रहे विभिन्न सांख्यिकीय सर्वेक्षणों के माध्यम से डेटा एकत्र करने और उसका समेकन करने तथा अन्य मंत्रालयों द्वारा किए जाने वाले सर्वेक्षणों और प्रशासनिक कार्यों को करने में लगे हुए हैं।
- डेटा संसाधन संवर्ग (डीपीसी) : सांख्यिकीय स्टाफ के अलावा, इस मंत्रालय के पास डीपीडी, सीएसओ (आईएस विंग) और संगणक केंद्र में ईडीपी कर्मचारियों का बड़ा संवर्ग है। संगणक केंद्र में समूह 'क' स्तर के अधिकारियों का संवर्ग है जबकि अन्य दो कार्यालयों में ईडीपी संवर्ग में कोई समूह 'क' पद नहीं हैं।