सांख्यिकी विभाग और कार्यक्रम कार्यान्वयन विभाग के विलय के पश्चात् 15.10.1999 को सांख्यिकी और कार्यक्रम कार्यान्वयन मंत्रालय एक स्वतंत्र मंत्रालय के रूप में अस्तित्व में आया । मंत्रालय में दो स्कंध है, एक सांख्यिकी से संबंधित है तथा दूसरा कार्यक्रम कार्यान्वयन से । सांख्यिकी स्कंध, जिसे राष्ट्रीय सांख्यिकीय कार्यालय (एनएसओ) कहा जाता है, में केन्द्रीय सांख्यिकीय कार्यालय (के.सां.कार्या.), संगणक केन्द्र, राष्ट्रीय प्रतिदर्श सर्वेक्षण कार्यालय (रा.प्र.सर्वे. कार्या.) हैं । कार्यक्रम कार्यान्वयन स्कंध में तीन प्रभाग अर्थात् (i) बीस सूत्री कार्यक्रम (ii) आधारी संरचना प्रबोधन और परियोजना प्रबोधन तथा (iii) सांसद स्थानीय क्षेत्र विकास योजना है । इन दोनों स्कन्धों के अतिरिक्त भारत सरकार (सां.और कार्य.कार्या.) के एक संकल्प के माध्यम से सृजित एक राष्ट्रीय सांख्यिकीय आयोग तथा संसद के एक अधिनियम द्वारा राष्ट्रीय महत्व के एक संस्थान के रुप में घोषित एक स्वायत्त संस्थान अर्थात् भारतीय सांख्यिकीय संस्थान है ।